根据财政部 国家税务总局关于印发《农业产品征税范围注释》的通知财税字〔1995〕52号
(二)畜牧产品
畜牧产品是指人工饲养、繁殖取得和捕获的各种畜禽。本货物的征税范围包括:
1.兽类、禽类和爬行类动物,如牛、马、猪、羊、鸡、鸭等。
2.兽类、禽类和爬行类动物的肉产品,包括整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉、盐渍肉,兽类、禽类和爬行类动物的内脏、头、尾、蹄等组织。
各种兽类、禽类和爬行类动物的肉类生制品,如腊肉、腌肉、熏肉等,也属于本货物的征税范围。
各种肉类罐头、肉类熟制品,不属于本货物的征税范围。
3.蛋类产品。是指各种禽类动物和爬行类动物的卵,包括鲜蛋、冷藏蛋。
经加工的咸蛋、松花蛋、腌制的蛋等,也属于本货物的征税范围。
各种蛋类的罐头不属于本货物的征税范围。
4.鲜奶。是指各种哺乳类动物的乳汁和经净化、杀菌等加工工序生产的乳汁。
用鲜奶加工的各种奶制品,如酸奶、奶酪、奶油等,不属于本货物的征税范围。
以及财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知 财税〔2017〕37号
二、纳税人购进农产品,按下列规定抵扣进项税额:
(一)除本条第(二)项规定外,纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的,以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额;
取得(开具)农产品销售发票或收购发票的,以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项和本通知所称销售发票,是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
所以,贵公司购买畜禽养殖公司免税农产品取得的普通发票可以进行计算抵扣。