根据财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知财税[2017]37号
二、纳税人购进农产品,按下列规定抵扣进项税额:
(一)除本条第(二)项规定外,纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的,以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额;取得(开具)农产品销售发票或收购发票的,以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项和本通知所称销售发票,是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
(二)营业税改征增值税试点期间,纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
所以,贵公司从合作社取得的普通发票可以按照上述规定进行计算抵扣。但是扣除率是11%还是13%需要根据贵公司所购买农产品是否用于生产17%税率的产品。如果是,可按照13%扣除率进行扣除。
会计处理:借:原材料(发票金额*(1-扣除率))
应交税费-应交增值税-进项税额(发票金额*扣除率)
贷:应付账款