《国家税务总局关于印发<房地产开发经营业务企业所得税处理办法>的通知》（国税发[2009]31号）第三十二条规定，除以下几项预提(应付)费用外，计税成本均应为实际发生的成本。

 (一)出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％。 

《海南省地方税务局关于房地产公司清算后销售剩余房产纳税风险提示的公告》（海南省地方税务局公 告2014年第1号）第一条规定，对已进入清算程序（即受理清算）后销售或有偿转让房地产的，不再预征土地增值税。

《个人所得税法》第二条　下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

《个人所得税法实施条例》第六条　个人所得税法规定的各项个人所得的范围：

（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。

依据上述规定，您说的情况，应该将办卡的金额与职工的当月工资合并代扣个所得税。

根据《财政部 税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》(财政部 税务总局公告2022年第14号 )规定：纳税人自2019年4月1日起已取得留抵退税款的，不得再申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。

因此，如果贵司现在办理了留抵退税，以后将不能享受增值税即征即退。

不需要扣除，参考《国家税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2022年第4号)规定：在计算允许退还的留抵税额的进项构成比例时，纳税人在2019年4月至申请退税前一税款所属期内按规定转出的进项税额，无需从已抵扣的增值税专用发票(含带有“增值税专用发票”字样全面数字化的电子发票、税控机动车销售统一发票)、收费公路通行费增值税电子普通发票、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额中扣减。

不需要备案，参考《国家税务总局关于小型微利企业所得税优惠政策征管问题的公告》(国家税务总局公告2022年第5号)规定：“三、小型微利企业在预缴和汇算清缴企业所得税时，通过填写纳税申报表，即可享受小型微利企业所得税优惠政策。

《企业所得税法实施条例》第二十五条规定：“企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。” 《国家税务总局关于企业所得税执行中若干税务处理问题的通知》（国税函〔2009〕202号）规定：

“一、关于销售（营业）收入基数的确定问题

企业在计算业务招待费、广告费和业务宣传费等费用扣除限额时，其销售（营业）收入额应包括《实施条例》第二十五条规定的视同销售（营业）收入额。”

参考《国家税务局关于印发<关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定>的通知》（国税地字〔1988〕15号）规定：

“六、关于纳税人实际占用的土地面积的确定

纳税人实际占用的土地面积，是指由省、自治区、直辖市人民政府确定的单位组织测定的土地面积。尚未组织测量，但纳税人持有政府部门核发的土地使用证书的，以证书确认的土地面积为准；尚未核发土地使用证书的，应由纳税人据实申报土地面积。”

参考《北京市人民政府关于修改<北京市实施中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例办法>的决定》（北京市人民政府令第188号）第3条规定：“土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照本办法规定的税额计算征收。占用的土地面积按建设用地规划许可证或者土地权属文件的土地占用面积确定；没有建设用地规划许可证或者土地权属文件的，以纳税人据实申报并经地方税务机关核实的土地占用面积确定。”

具体建议您跟主管税局沟通确认一下。

参考《财政部税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号）文件规定，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。

因此，贵司办理增值税期末留抵退税后，以后期间不会因为办理留抵退税而多交城建税及附加。

可以税前扣除，参考国家税务总局关于发布《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》的公告（国家税务总局公告2011年第25号）

第三条  准予在企业所得税税前扣除的资产损失，是指企业在实际处置、转让上述资产过程中发生的合理损失（以下简称实际资产损失），以及企业虽未实际处置、转让上述资产，但符合《通知》和本办法规定条件计算确认的损失（以下简称法定资产损失）。

第二十二条 企业应收及预付款项坏账损失应依据以下相关证据材料确认：

（一）相关事项合同、协议或说明；

（二）属于债务人破产清算的，应有人民法院的破产、清算公告；

（三）属于诉讼案件的，应出具人民法院的判决书或裁决书或仲裁机构的仲裁书，或者被法院裁定终（中）止执行的法律文书；

（四）属于债务人停止营业的，应有工商部门注销、吊销营业执照证明；

（五）属于债务人死亡、失踪的，应有公安机关等有关部门对债务人个人的死亡、失踪证明；

（六）属于债务重组的，应有债务重组协议及其债务人重组收益纳税情况说明；

（七）属于自然灾害、战争等不可抗力而无法收回的，应有债务人受灾情况说明以及放弃债权申明。

参考《企业会计准则讲解2010》中关于生物资产准则的讲解，在我国，处于不同生长阶段的各类生物资产的公允价值一般难以取得，因此，生物资产准则规定通常应当采用历史成本对生物资产进行后续计量，但有确凿证据表明其公允价值能够持续可靠取得的除外。

生物资产采用历史成本进行计量的情况下，消耗性生物资产按成本减累计跌价准备计量；未成熟的生产性生物资产按成本减累计减值准备计量，成熟的生产性生物资产按成本减累计折旧及累计减值准备计量；公益性生物资产按成本计量。

因此，企业拥有的公益性生物资产不计提折旧。

参考《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

《国家税务总局关于企业所得税年度汇算清缴有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第34号）规定：纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款超过汇算清缴应纳税款的，纳税人应及时申请退税，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，不再抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。

依据上述规定，如果汇算清缴填报错误，贵司应该更正所得税年度申报表，向主管税局申请退还多缴的税款，具体办理程序建议跟主管税局沟通。