根据《国家税务局关于生活补助费范围确定问题的通知》【国税发［1998］155号】的规定，免缴个人所得税的福利费，是指由于某些特定事件或原因而给纳税人本人或家庭的正常生活造成一定困难，其任职单位按国家规定从提留的福利费或工会经费中向其支付的临时性生活补助费。下列收入不属于免税的福利费范围：
（1）从超出国家规定的比例或基数中提留的福利费或工会经费中支付给个人的各种补贴、补助；
（2）人人有份的补贴、补助；
（3）单位为个人购买汽车、住房、计算机等不属于临时性生活困难补助性质的支出。
因此，贵公司发放的各种补贴属于工资薪金组成部分，可以做报表发放，但按需要规定缴纳个人所得税。

根据《中华人民共和国企业所得税法》第十条 在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：
（一）向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项；
（二）企业所得税税款；
（三）税收滞纳金；
（四）罚金、罚款和被没收财物的损失；
（五）本法第九条规定以外的捐赠支出；
（六）赞助支出；
（七）未经核定的准备金支出；
（八）与取得收入无关的其他支出。
因此，“法院判决的赔偿款”如果与生产经营相关的法院判决的赔偿款，凭合法凭据可以税前扣除，不需要纳税调整。

一、贵公司上述业务会计处理不符合政策规定。企业资产通常采取历史成本核算，只有在企业改制为股份有限公司时，或资产产权发生变更时，才能以评估的价值入账。如贵公司不属于此情形会计上固定资产评估增值不作账务处理。
二、根据《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》（财税[2008]152号）规定，对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿固定资产科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对纳税人未按国家会计制度规定核算并记载的，应按规定予以调整或重新评估。因此，房产税从值计税房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算，即历史成本。

需要到科技部门备案，之后到税务主管机关备案。备案之后可不需要代扣代缴。

根据国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告  国家税务总局公告2018年第28号规定，对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。小额零星经营业务的判断标准是个人从事应税项目经营业务的销售额不超过增值税相关政策规定的起征点。因此，可以以收据作为税前扣除凭据的前提，是对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，如果为已办理税务登记的个体工商户，必须以发票作为税前扣除凭据。本应开具正规发票却没有开具的不能以收据作为税前扣除的凭据。如为个体户收据上不加盖印章，只体现个人信息（姓名、身份证号）税务机关检查核实后存在税收风险。

根据国家税务总局《关于企业所得税若干问题的公告》国家税务总局公告2011年第34号 五、投资企业撤回或减少投资的税务处理。投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。因此，法人股东减资收回资金三各部分，一是相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；二是相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分应确认为股息免税所得；三是剩余部分确认为投资资产转让所得。所以，法人股东减资相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。自然人以非货币资产涉税，以货币资金增增资，个人股东不涉税，公司涉及印花税。

由于房屋以及建设完毕，所以费用不能再计入房产成本。
会计处理计入当期费用。

根据国税发[2009]31号 国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》
第三十条 企业下列成本应按以下方法进行分配：
（一）土地成本，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。
土地开发同时连结房地产开发的，属于一次性取得土地分期开发房地产的情况，其土地开发成本经商税务机关同意后可先按土地整体预算成本进行分配，待土地整体开发完毕再行调整。
贵公司情况按照上述贵定处理。

根据中华人民共和国劳动和社会保障部社会保险事业管理中心关于规范社会保险缴费基数有关问题的通知劳社险中心函〔2006〕60号
二、关于工资总额的计算口径
依据国家统计局有关文件规定，工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，由计时工资、计件工资、奖金、加班加点工资、特殊情况下支付的工资、津贴和补贴等组成。劳动报酬总额包括：在岗职工工资总额；不在岗职工生活费；聘用、留用的离退休人员的劳动报酬；外籍及港澳台方人员劳动报酬以及聘用其他从业人员的劳动报酬。
聘用离退休人员的劳动报酬属于社保计算基数。所以退休返聘人员统筹部分养老保险需要缴纳。

根据《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》  第三条　城市维护建设税，以纳税人实际缴纳的产品税、增值税、营业税税额为计税依据，分别与产品税、增值税、营业税同时缴纳。
所以贵公司按照抵减之后的的实际缴纳金额计算城建税和附加税。

根据贵公司提供的资料“公司是一般纳税人，营业执照增加了餐饮服务”，贵公司劳务派遣业务可以选择差额计税方式，但餐饮服务尚无政策规定可以差额计税，因此，应按一般计税方法计税，税率6%。

根据《国家税务总局关于推行通过增值税电子发票系统开具的增值税电子普通发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第84号）第三条规定： 增值税电子普通发票的开票方和受票方需要纸质发票的，可以自行打印增值税电子普通发票的版式文件，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与税务机关监制的增值税普通发票相同。
因此，电子发票上有税控签名和企业电子签章，不需要另外再加盖发票专用章。

根据《中华人民共和国土地管理法》
第十二条 依法改变土地权属和用途的，应当办理土地变更登记手续。
第十三条 依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
贵公司“一块土地被法院冻结，到卖给了A公司，收到价款2000万元，因土地冻结，未能办理过户手续”因此，在法律层面未办理权属变更登记，土地权属为转移，站在会计角度与所有权相关的主要风险报酬未转移给买方，因此，收到价款2000万元，计入预收账款，作为负债处理。

贵公司事项是两个业务，第一是材料采购税前扣除。第二是存在无法支付的应付账款。
第一个事项。根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告 国家税务总局公告2018年第28号
第九条
企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目（以下简称应税项目）的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票（包括按照规定由税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证。
贵公司全额取得发票的，按照发票金额全额做税前扣除。

第二个事项
根据《企业所得税法实施条例》第二十二条规定，企业所得税法第六条第（九）项所称其他收入，是指企业取得的除企业所得税法第六条第（一）项至第（八）项规定的收入外的其他收入，包括企业资产溢余收入、逾期未退包装物押金收入、确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项、债务重组收入、补贴收入、违约金收入、汇兑收益等。
上述规定明确对于企业确实无法偿付的应付款项应计入收入缴纳企业所得税。
贵公司无法支付部分应付账款，会计处理做营业外收入，并入应税收入计算缴纳所得税。

根据《关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》（国家税务总局公告2015年第34号）
三、企业接受外部劳务派遣用工支出税前扣除问题
企业接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应分两种情况按规定在税前扣除：按照协议（合同）约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出；直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出。其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
 
贵公司合同约定工资由劳务派遣公司发放的，按照劳务派遣公司开具全额发票做劳务费处理。

根据国税发[2009]121号 国家税务总局关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知
二、关于董事费征税问题
（一）《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发[1994]89号）第八条规定的董事费按劳务报酬所得项目征税方法，仅适用于个人担任公司董事、监事，且不在公司任职、受雇的情形。
（二）个人在公司（包括关联公司）任职、受雇，同时兼任董事、监事的，应将董事费、监事费与个人工资收入合并，统一按工资、薪金所得项目缴纳个人所得税。
国税发[1994]89号 国家税务总局关于印发《征收个人所得税若干问题的规定》的通知
八、关于董事费的征税问题
个人由于担任董事职务所取得的董事费收入，属于劳务报酬所得性质，按照劳务报酬所得项目征收个人所得税。
所以董事费分作两种情况  一般董事和独立董事。一般董事的津贴并入工资薪金计算缴纳个税。独立董事按照劳务报酬处理。
 
根据国税总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告 国家税务总局公告2018年第28号
第九条
企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目（以下简称应税项目）的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票（包括按照规定由税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证；对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。

董事费超过小额零星标准的，需要发票作为税前扣除凭证。

根据贵公司描述。贵公司在18年收到树苗时就应该入账。
借：原材料（树苗免税没进项）
贷：应付账款
 
19年付款
借：应付账款
贷：银行存款

根据《企业会计准则第9号——职工薪酬》应用指南（2014）
     企业向职工提供非货币性福利的，应当按照公允价值计量。如企业以自产的产品作为非货币性福利提供给职工的，应当按照该产品的公允价值和相关税费确定职工薪酬金额，并计入当期损益或相关资产成本。相关收入的确认、销售成本的结转以及相关税费的处理，与企业正常商品销售的会计处理相同。企业以外购的商品作为非货币性福利提供给职工的，应当按照该商品的公允价值和相关税费确定职工薪酬的金额，并计入当期损益或相关资产成本。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部 国家税务总局第50号令）第四条规定，单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：
 （一）将货物交付其他单位或者个人代销；
（二）销售代销货物；
（三）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外；
（四）将自产或者委托加工的货物用于非增值税应税项目；
（五）将自产、委托加工的货物用于集体福利或者个人消费；
（六）将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户；
（七）将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者；
（八）将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人。

将自产货物发放给职工，会计上做收入处理，增值税做视同销售处理
会计分录
借：管理费用/生产成本
贷：应付职工薪酬
 
借：应付职工薪酬
贷：主营业务收入
      应交税费-应交增值税-销项税额
 
借：主营业务成本
贷：库存商品
 
将自产货物送人（送给客户的），会计上做销售费用，增值税做视同销售
 
借：销售费用
贷：库存商品
   应交税费—应交增值税-销项税额。

根据《国家税务总局关于明确中外合作办学等若干增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2018年第42号）
七、纳税人2016年5月1日前发生的营业税涉税业务，包括已经申报缴纳营业税或补缴营业税的业务，需要补开发票的，可以开具增值税普通发票。纳税人应完整保留相关资料备查。
所以补开增值税普票是正确操作。
 
根据国税总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告 国家税务总局公告2018年第28号
第五条
企业发生支出，应取得税前扣除凭证，作为计算企业所得税应纳税所得额时扣除相关支出的依据。
第九条
企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目（以下简称应税项目）的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票（包括按照规定由税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证。
结合上述文件，贵公司取得补开的增值税发票可以作为税前扣除凭证。
 
但整体要符合《企业所得税法》第八条规定：“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”

挂靠这块包工头的个人利润如何做账以及税前扣除的问题，是由于挂靠这种不合规的形式存在而造成的。
可以说目前没有什么好的解决办法。正确的办法是个人注册经营实体为贵公司提供服务，未贵公司开票，自行申报税款。但实际上都是通过开劳务票或者虚开其他发票解决的。
与贵公司没有劳动关系的话，目前也只能走劳务关系这种处理办法。但是其真实性有一定瑕疵，需要注意。