根据财税[2016]36号附件1《营业税改征增值税试点实施办法》 第二十七条，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。
 
贵公司经营免税项目的，相应进项税额需要做进项税额转出处理，并且进行申报。无法区分用于免税的，根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号
附件一
第二十九条 适用一般计税方法的纳税人,兼营简易计税方法计税项目、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额）÷当期全部销售额
 
贵公司相关进项税需要做进项税额转出处理。

贵公司在2012年建造了临时营销中心，当时将全部成本计入 “开发间接费用”，拆除时发生的费用及变价收入计入销售费用。

根据中华人民共和国增值税暂行条例实施细则  
第三十八条采取预收货款方式销售货物，为货物发出的当天，但生产销售生产工期超过12个月的大型机械设备、船舶、飞机等货物，为收到预收款或者书面合同约定的收款日期的当天；
销售额为收到预收款金额或者合同约定的预付款金额。

根据国务院办公厅转发人力资源和社会保障部、财政部《城镇企业职工基本养老保险关系转移接续暂行办法》（国办发〔2009〕66号，以下简称《转移办法》）规定，参保人无论是城镇职工还是农民工流动就业时，其基本养老保险关系和所缴纳的养老保险费可以按规定转移，在不同地区参保的缴费年限合并计算，个人账户储存额累计计算，未达到领取待遇年龄时不得办理退保手续。因此，可以办理社保费异地转移手续。

根据国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告国家税务总局公告2014年第67号 第十五条　个人转让股权的原值依照以下方法确认：
　　（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
　　（二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
因此，该股东股权转让时个人所得税应纳税所得额计算的股权转让原值为实际到位的注册资金，即实收资本。 

签订合同时民事行为，双方意思自治。个人可以与公司签订供货合同。发票到税务局按照销售货物进行带开即可。

根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号）             现将纳税人对外开具增值税专用发票有关问题公告如下：
纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：
一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；
二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；
三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。

提供建筑服务的，受票方为实际接受服务方。贵公司需要根据签订合同明确接受服务方。

根据国家税务总局关于印发《企业所得税核定征收办法（试行）》的通知  国税发〔2008〕30号 
第三条 纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
 所以在所得税上，对核定征收企业发票方面没有要求。
 
但是发票管理办法要求纳税人购买货物或应税行为的，需要索要发票。
 
临时工人可以按照工资薪金处理，同时需要缴纳对应社保。

根据《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》填表说明
一、适用范围
本表适用于查账征收和核定征收的个体工商户业主、个人独资企业投资人、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人在中国境内取得经营所得，办理个人所得税预缴纳税申报时，向税务机关报送。
《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》填表说明
一、适用范围
本表适用于个体工商户业主、个人独资企业投资人、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人在中国境内取得经营所得，且实行查账征收的，在办理个人所得税汇算清缴纳税申报时，向税务机关报送。
因此，合伙企业实行查账征收的，每季度报送了个人所得税生产经营所得A表，在办理个人所得税汇算清缴纳税申报时，向税务机关报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》。

根据贵公司提供的资料，公司回迁两套住宅楼已取得房照，因此公司具有处置房产民事权利，需要按转让二手房处理，到税务机关代开发票，涉及增值税、土地增值税、印花税、企业所得税。

根据2019年各地税务机关的规定，多地税务机关在代开发票时不再代扣个人所得税，由支付单位全额代扣代缴。

财建[2006]317号 财政部、全国总工会等部门关于印发《关于企业职工教育经费提取与使用管理的意见》的通知
（五）企业职工教育培训经费列支范围包括：
1、上岗和转岗培训；
2、各类岗位适应性培训；
3、岗位培训、职业技术等级培训、高技能人才培训；
4、专业技术人员继续教育；
5、特种作业人员培训；
6、企业组织的职工外送培训的经费支出；
7、职工参加的职业技能鉴定、职业资格认证等经费支出；
8、购置教学设备与设施；
9、职工岗位自学成才奖励费用；
10、职工教育培训管理费用；
11、有关职工教育的其他开支。
贵公司组织的职工外送培训的经费支出可以按照职工教育经费处理。

根据中华人民共和国劳动和社会保障部社会保险事业管理中心关于规范社会保险缴费基数有关问题的通知（劳社险中心函〔2006〕60号  ）     
二、关于工资总额的计算口径
依据国家统计局有关文件规定，工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，由计时工资、计件工资、奖金、加班加点工资、特殊情况下支付的工资、津贴和补贴等组成。劳动报酬总额包括：在岗职工工资总额；不在岗职工生活费；聘用、留用的离退休人员的劳动报酬；外籍及港澳台方人员劳动报酬以及聘用其他从业人员的劳动报酬。
所以社保计费基数包括年终奖。

应税行为适用税率按照该应税行为的纳税义务发生时间确定，贵公司在4月1日之后销售，发生纳税义务时间在4月1日之后，适用税率为13%。不涉及相关风险。

贵公司取得占地补偿费，如果规定了占地期限，属于取得的租赁收入。根据财政部 国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知财税〔2016〕47号规定，纳税人以经营租赁方式将土地出租给他人使用，按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。
租赁收入还需缴纳印花税、企业所得税。

增值税是链条税。增值税小规模纳税人开具增值税专用发票后收票方凭票抵扣，因此，增值税小规模纳税人开具增值税专用发票部分不能享受增值税减免税优惠。

员工出差的火车票，汽车票可以抵扣进项税。根据财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告   财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号 六、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。
取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：
铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%
4.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：
公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%

贵公司如果把开发软件的服务包给公司的一个员工，如果是在工作时间以外的服务，属于一种劳务，可以去税务局代开服务发票，增值税征收率3%，个税的税率是按劳务报酬的个税标准。

根据国家税务总局《关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》国家税务总局[2011]41号公告一、个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下： 
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费 
以及《中华人民共和国个人所得税法》第十二条 纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。
因此，合伙企业合伙人在退伙时收到的退伙款，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。《征管法》规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。

贵公司应根据门市房的公允价值确认其入账成本，门市房公允价值大于或等于应收账款账面价值的（原计提坏账准备的）冲减坏账损失，超过应收账款余额的计入营业外收入。门市房公允价值小于应收账款账面价值的，按照债务重组处理，相关差额计入营业外支出—债务重组损失。
贵公司相关销售收入正常纳税，在房屋过户时需要缴纳契税和印花税。