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541 《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号文）系国家税务总局根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则等有关税收法律、行政法规的规定，结合房地产开发经营业务的特点而制定的部门规章，应是统领全国土地增值税清算的基本纲领性文件，一切关于土地增值税清算扣除的文件均应服从并服务于这个纲领性文件。在《规程》中除了对各项费用的扣除做了详细的规定外，其还在第二十一条还以正列举方式规定了审核扣除项目的6个基本原则：
第一项规定：在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。这一原则已经表明了即便成本费用实际发生，但是缺乏合法凭据仍不能扣除。就其字面蕴含的意思可以推定土地增值税清算扣除要求应是“实际发生+合法凭证”，是对一种已然事件有条件的确认；而不应是对具有合法外表即“合法凭证”但却属于未然事件的确认，不应是“应发生+合法凭证”模式，而且更强调扣除在实际发生基础上还必须坚持具备“合法凭证”。对于“应发生”这一未然事件，根据字面推理，即便取得了“合法凭证”，也是不应扣除的。也即本条主旨原则虽强调了“合法凭证”至高无上地位，但是其前提是以“实际发生”为基础，并未坚持唯“合法凭证”论，这一推断在第二项原则也有明确体现。
第二项规定：扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。这一项规定，就很好地解决了如何贯彻“合法凭证”扣除的问题。根据本项规定，未发生的事项，即便取得了合法凭证，也是不应扣除的。比如，房地产企业准备建设一个项目的某一部分如景观水池，虽然未建设却提前支付给了施工企业开拔费等类性质的预付款，或者因为定制了一批设备而缴纳了定金或者预付款，这类事项即便定了合同并开具了发票甚至提前支付了款项，但业务并未实际发生，也是不能扣除的。即并非有合同有发票有资金流就一定属于真实发生可以扣除。只有这个事件必须已经发生，即材料设备已经买来或者工程已经施工且均符合“合法凭证”金额，才具备扣除的可能性，而且还不一定可以完全扣除，因为还有一个合理性问题。如建筑工程成本还需要符合本地当期同期合理预算水平，否则，税务机关仍是可以调整的。既然成本费用扣除实际上有这么多限制，没发票等合法凭证一定不能扣除，有发票等合法凭证也不一定就能扣除。那么，“实际发生”的标准到底是什么？如果“合法凭证”所载事项确已实际发生且有据可查，是否还必须考虑是否支付费用呢？比如，经甲方、乙方、监理方工程师签字确认《建筑工程进度表》所记载工作量与发票金额一致，且符合当地同期预算正常标准，是否还要考虑实际支付款项呢？这个“实际发生”的税务口径到底是什么呢？是以实际已经发生的材料设备采购或者建筑安装实现工作量作为标准，即便未付款也判定为实际发生了成本费用；还是以根据合法凭证所载金额实际支付的材料设备采购款项或者建筑安装款项作为标准；抑或是以实际收到并据以入账的合法凭证为标准，而并不考虑是否实际支付，只要有合法凭证，即可判定为实际发生。这三个观点在会计核算上均合理，哪一个更为妥当更为科学就需要进一步分析。
根据上述第一项、第二项的规定分析，我们可以直接否定最后一个观点，即不能仅凭“合法凭证”扣除，因为他缺乏“实际发生”证明效力。那么，剩下来的两个观点，就既有有一致性，又有分歧。一致性是都承认必须实际发生且具有合法凭证，分歧即是“是否支付款项”。这个分歧在本条第三项、第四项、第五项、第六项规定中均找不到论证依据。其第三项规定“扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆”，强调的是“准确归类”；第四项规定“扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的”，强调的是相关性，成本费用必须对号入座；第五项规定“纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用”，强调的是“技术方法”，是核算手段技术问题；第六项规定“对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准”，强调的是技术手段的连贯性稳定性确定性，仍是强调技术手段，均未对是否支付这一分歧做出回应。因此，只能借助其他文件条款进行进一步分析。
目前没有一个文件明确规定，“实际发生”是否必须支付款项。有了合同、货物实际购进或劳务实际发生，即具备了“实际发生”的客观事实。但是，这个客观事实是否就一定是土地增值税清算扣除的“实际发生”口径，或者说是否有了这个客观事实，就必然要扣除成本费用，有无在此之外的其他设定条件，就值得研究。
事实上，虽然没有将“实际支付”作为法定扣除条件，但是《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》国税函[2010]220号文某些条款中已经实际蕴含了“以实际支付”作为扣除标准的意思表示。
这个推断在220号文第二条“关于房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题”规定中可见一斑。该条规定：“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除”。该条款是对开具发票但未付款的质保金作了可以扣除的特殊规定。那么，建筑安装施工企业对房地产开发企业开具发票不是质保金的其他并未支付款项部分是否可以扣除呢？文件并未明确列举，但根据常理反推，应当是不可以的。否则，如果未支付款项部分都可以凭据发票扣除，那么对未支付的质保金是否可以扣除就根本没有任何必要单独发文予以明确了。按照常理推论，正是因为没有支付的款项即便有发票也不能扣除是个大前提，才对质保金未支付款项也要扣除这一特殊事项进行单独规定。否则，这个文件规定就是多此一举毫无意义的。
无独有偶，91号文某些条款规定也很好的印证了这一点。其对拆迁成本扣除规定也可在一定程度上表明了只有“实际支付”款项的成本费用才能扣除。其第二十二条规定：“审核取得土地使用权支付金额和土地征用及拆迁补偿费时应当重点关注：（一）同一宗土地有多个开发项目，是否予以分摊，分摊办法是否合理、合规，具体金额的计算是否正确。（二）是否存在将房地产开发费用记入取得土地使用权支付金额以及土地征用及拆迁补偿费的情形。（三）拆迁补偿费是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。第三项规定要求核对“签收花名册或签收凭证”，就证明了仅“凭合法凭证”是不能作为‘“实际发生”’来对待的。一个拆迁项目，将被拆迁户房屋拆除是最容易确认的实际发生成本，而且肯定会有“合法凭证”。众所周知，被拆迁任不签《拆迁协议》，肯定是不能拆房的。那么，仅凭一纸被拆迁人签字的《拆迁协议》和房屋被拆的事实仍是不能直接扣除费用的，因为根据这个规定，它必须实际支付给被拆迁户才行。
其实，除上述2个文件部分条款规定外，最容易理解的是行政费用扣除。按照税法规定，发生应税行为即会直接产生税金，有了实际应税行为，就会有实际税金发生，但是，只有“实际缴纳”的税金才能扣除，而不是根据应税行为实际已经发生而应缴纳的税金。这个很容易理解，也是包括企业所得税等各个法律执行的惯例。仍以拆迁问题为例进行分析。发生了拆迁行为，根据财税[2004]134号文即实际发生了契税纳税义务。但是如果没有缴纳，即便税务机关下达了《税务处理决定书》确认了税款金额，该费用已经实际发生，但是如果未缴纳税款，仍不能在土地成本中扣除该部分契税。这个契税是“实际发生”的，只是没有实际支付给国家，是一种公债，是在“应交税金”挂账的，跟在“应付账款”挂账未支付的工程款材料一样都是债务。还有回迁涉税事项，在税收待遇上可以按照回迁面积视同销售确认收入并同时计入土地成本。《拆迁协议》是规定了回迁准确时间点和面积的的，这是被拆迁户可以依法入驻回迁安置楼的“合法权利凭证。签订了协议，即具有了拆迁回迁可以实际发生的法律依据，也是依法确认回迁税务事项的合法凭证之一。但是，如果按照约定时间如期回迁，却并未实际结算回迁房补退价款并交纳应纳税款，即便回迁事实存在了，合法凭证也具备了，但是却因并未实际支付款项及税款，那么仅凭《回迁协议》这一“合法凭证”和回迁事实也是根本无法确认扣除成本的，因为回迁的收入和以此确认的土地成本都未能确认，即房地产企业并未彻底完成“实际支付”义务。由此，能够准确扣除的成本费用应当是实际发生且能根据“合法凭证”可靠确认的成本，而且最具确定性的成本即是实际支付款项部分的实际成本费用。
对于扣除“实际成本”，91号文和220号文对拆迁事项和质保金事项进行了特别说明，尤其是220号文特别指出质保金虽然未实际支付，也要扣除，这足以说明“实际支付是惯例”，而“不支付也能扣除是特例”。否则，220号文这个对质保金的“特例规定”就是毫无意义的多此一举。政策应是一视同仁的，不能仅要求对“拆迁成本”要有收条确认支出，不仅是对质保金可以不支付而特殊赦免可以扣除，也不仅是要求税收必须缴纳才能扣除，这个标准应当具有普遍适用性。
由此，我们可以推导出最为可靠的、也是最具说服力最易操作执行的可以扣除“实际支出”应当是“根据合法凭证支付款项部分的已经实际存在的支出”。当然，这也仅是根据具体文件的推导，并非法律明确规定的结果。
实际上，土地增值税清算是分为三大类的，
一是直接转让整个项目。土地增值税是以项目为清算单位的，项目转手前扣除的成本费用即必须是确定可靠的，不应将未来可能发生的不确定事项列入扣除。皮之不存毛将焉附。一个企业破产了，即便他有很多债权，但是，只有向资产管理人申报的债权才能作为清算扣除的依据。其他未申报的不确定的债权即便是真实的，也是不能扣除的。项目转让清算就是对确定的收入和成本费用归集的过程扣除的过程。假定项目是单独核算的，清算完就注销，未支付的费用就只能或是再设法支付给债权人，或者因确实无法支付了而成为“营业外收入”性质缴纳所得税了。这实际也会督促项目及时结清款项。
二是、销售达到85%或者《预售证》达到3年以上的首次清算。按照支付款项部分作为实际成本扣除，房地产企业在首次清算后仍有机会在尾盘清算时对未付款部分扣除。因为，首次清算时成本成本费用并不一定是最终金额，在首次清算后，项目仍有可能发生成本费用，仍需履行支付义务，那么，在最终项目的清盘清算时在首次清算时未能扣除的应付款部分只要嗣后真正支付，仍是可以扣除的。该部分费用并未悬置没得到扣除，仅是一个时间问题而已。
三是、尾盘清算。综上所述，项目都完结了，不能再以项目名义支付款项了。那么，此时的成本费用必须是确定可靠的了。就如同注销一样，未支付的债权也无法支付了。
法的适用范围应当是它所约束的普遍事项，除非有特例，都应按照他的制定原则执行。当然，任何一个文件都不能穷尽一些事务。受制于当时的客观环境，以及制定政策者的眼界、学识、阅历、经验、思维，以及诸多需要考虑的社会平衡因素等诸多限制，任何一个文件都会具有与生俱有的先天缺陷，具有历史局限性和实效性。我们不能苛责一个政策，期盼他可以一劳永逸可以永远指导一个税收领域日新月异的复杂事项，这是不可能的。更何况，对一个执行了10年之久的政策。政策完善需要靠时间把弊病充分暴露出来，才会研究完善。2008年版《企业所得税法》实施11年了，用了10年才出台2018年28号文《企业所得税扣除凭证管理办法》，用了将近5年才出台2012年15号文对以前年度未扣除未计入的成本费用扣除做了了断。土地增值税清算是个专业性更强的税种，涉及到的土地、规划、房地产销售等各种法律政策都在不断调整完善，加上各地地方政策的不尽相同，更会直接增加清算办法完善的难度。但是，核心争议不容回避，最终也会在各种平衡中在政策层面进行解决的。
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