贵公司三方协议达到如下效果，贵公司将对甲方债权转让给供应商，来抵消贵公司对供应商的债务。相关条款生效后变成甲方对供应商有负债，之后甲方用车辆抵债，属于销售行为。
 
三方协议之前应税行为有两个，第一贵公司为甲方提供建筑服务，第二供应商对贵公司销售货物。这两个应税行为都应进行申报开票。
 
三方协议后只产生一个应税行为即甲方销售二手车，与贵公司无关。之前的债权转让和抵消不属于增值税应税范畴，不需要缴纳增值税。