《国家税务总局关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第31号）规定，国内旅客运输服务中的旅客，仅限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务。
实务中，如果员工和分公司签订了劳动合同，工资在分公司发放，该员工发生的国内旅客运输服务可否在总公司抵扣增值税？
一、分公司就地缴纳增值税
《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第134号）规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
和企业所得税不同，分支机构属于增值税独立纳税主体，如果分公司就地缴纳增值税，则分支机构只能就分支机构的销售额和可抵扣进项税额计算分支机构应该缴纳的增值税，分支机构如果当期进项税额大于销项税额，该差额部分也不能抵减总公司当期应纳增值税额。
因此，在分公司就地缴纳增值税的情况下，分公司员工发生的国内旅客运输服务，不能在总公司抵扣增值税。
二、分公司不就地缴纳增值税
（一）总分机构不在同一县市，但在同一地区
总分机构不在同一县市，但在同一省区内，总分机构的增值税该如何缴纳呢？
《财政部 国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
如果在同一地区的总分机构经过审批后，由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税，分支机构无需就地缴纳增值税。总公司申报的销项税额实际上就是总分机构的合计对外销售所对应的销项税额，可抵扣的进项税额实际就是总分机构共同发生的符合政策要求的合计对外采购所对应的进项税额。
因此，在总分机构在同一地区，且总分机构汇总向总机构所在地申报缴纳增值税的情况下，分支机构员工发生的国内旅客运输服务，可以在总机构抵扣增值税。
（二）总分机构不在同一地区
总分机构不在同一地区，一般情况下，增值税由总分机构分别就地缴纳。但也并非绝对如此，以下情形就是例外。
1、总机构负责开户、收款、开票
按照《国家税务总局关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》的规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发〔1998〕137号）规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。
依据上述规定，总分机构满足上述情形，所有收入均应在总机构所在地缴纳增值税。与此对应，分支机构发生的各项支出所对应的进项税也应在总机构抵扣。
因此，在这种情况下，分支机构发生的与总机构收入匹配的进项税额（包括分支机构员工发生的国内旅客运输服务对应的进项税额），就可以在总机构进行抵扣。
2、分支机构属于不具有主体生产经营职能，且不需在当地缴纳增值税的产品售后服务中心、内部研发中心、仓储中心等
这种情况在实务中也比较常见，公司为了节约成本，在不同地区设立不具有生产经营职能的产品售后服务中心、内部研发中心、仓储中心等，不需在当地缴纳增值税。
在这种情况下，该类分支机构只是成本中心，没有收入发生，无需再当地缴纳增值税，其发生的与总机构收入匹配的进项税额（包括分支机构员工发生的国内旅客运输服务对应的进项税额），也可以在总机构进行抵扣。
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