《国家税务总局关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第31号）规定，国内旅客运输服务中的旅客，仅限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务。

　　实务中，如果员工和分公司签订了劳动合同，工资在分公司发放，该员工发生的国内旅客运输服务可否在总公司抵扣增值税？

　　一、分公司就地缴纳增值税

　　《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第134号）规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。

　　和企业所得税不同，分支机构属于增值税独立纳税主体，如果分公司就地缴纳增值税，则分支机构只能就分支机构的销售额和可抵扣进项税额计算分支机构应该缴纳的增值税，分支机构如果当期进项税额大于销项税额，该差额部分也不能抵减总公司当期应纳增值税额。

　　因此，在分公司就地缴纳增值税的情况下，分公司员工发生的国内旅客运输服务，不能在总公司抵扣增值税。

　　二、分公司不就地缴纳增值税

　　（一）总分机构不在同一县市，但在同一地区

　　总分机构不在同一县市，但在同一省区内，总分机构的增值税该如何缴纳呢？

　　《财政部 国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。

　　如果在同一地区的总分机构经过审批后，由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税，分支机构无需就地缴纳增值税。总公司申报的销项税额实际上就是总分机构的合计对外销售所对应的销项税额，可抵扣的进项税额实际就是总分机构共同发生的符合政策要求的合计对外采购所对应的进项税额。

　　因此，在总分机构在同一地区，且总分机构汇总向总机构所在地申报缴纳增值税的情况下，分支机构员工发生的国内旅客运输服务，可以在总机构抵扣增值税。

　　（二）总分机构不在同一地区

　　总分机构不在同一地区，一般情况下，增值税由总分机构分别就地缴纳。但也并非绝对如此，以下情形就是例外。

　　1、总机构负责开户、收款、开票

　　按照《国家税务总局关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》的规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发〔1998〕137号）规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。

　　依据上述规定，总分机构满足上述情形，所有收入均应在总机构所在地缴纳增值税。与此对应，分支机构发生的各项支出所对应的进项税也应在总机构抵扣。

　　因此，在这种情况下，分支机构发生的与总机构收入匹配的进项税额（包括分支机构员工发生的国内旅客运输服务对应的进项税额），就可以在总机构进行抵扣。

　　2、分支机构属于不具有主体生产经营职能，且不需在当地缴纳增值税的产品售后服务中心、内部研发中心、仓储中心等

　　这种情况在实务中也比较常见，公司为了节约成本，在不同地区设立不具有生产经营职能的产品售后服务中心、内部研发中心、仓储中心等，不需在当地缴纳增值税。

　　在这种情况下，该类分支机构只是成本中心，没有收入发生，无需再当地缴纳增值税，其发生的与总机构收入匹配的进项税额（包括分支机构员工发生的国内旅客运输服务对应的进项税额），也可以在总机构进行抵扣。

最近有人咨询了一个问题：总分公司是异地的，分公司需要注销，但在办理过程中，当地税务主管机关了解到分公司负责人的个税未在当地缴纳，提出需要补充申报缴纳个税之后才可以走注销流程。就这个问题，经查阅相关法律法规资料，阐述一些自己的观点：

一、分公司的定义和法律责任

    1、定义：《中华人民共和国公司法》第十四条规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十五条对分公司进行了定义：分公司是指公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构。

    2、法律责任：《中华人民共和国公司法》第十四条指出，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。《执行工作若干问题的规定》78条第1款规定：被执行人为企业法人的分支机构不能清偿债务时，可以裁定企业法人为被执行人。企业法人之间经营管理的财产仍不能清偿债务的，人民法院可以裁定执行该企业法人其他分支机构的财产。

二、登记事项

    《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十六条规定了分公司的登记事项包括：名称、营业场所、负责人、经营范围。并且规定：

    1、设立登记分公司时，应当向公司登记机关提交公司负责人任职文件和身份证明；（附：）

    2、变更负责人的，应当提交公司的任免文件以及其身份证明；

    3、申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。

从上述规定中笔者认为：

    1、分公司设立登记时，无需提交分公司的章程；

    2、分公司的法律角色更像是公司住所之外的一个职能部门，对应的分公司负责人更像是一个部门主管角色；

    3、分公司的负责人属于法定登记事项，变更登记时，需要提交相应的变更资料；

    4、分公司注销登记程序无需经过分公司负责人的同意。

三、分公司是否是高级管理人员

    《中华人民共和国公司法》第二百一十六条对本高级管理人员进行了界定，指公司的经理、副经理、财务负责人，上市公司董事会秘书和公司章程规定的其他人员。故分公司负责人是否属于高级管理人员取决于公司章程的规定。

四、分公司负责人的法律责任

    根据笔者的了解，目前公司法明确总公司是法人单位，其需要注册法定代表人，但并未对分公司负责人的法律地位及具体权利义务进行更明确的规定，更多的是《中华人民共和国刑法》对直接负责的主管人员和其他直接责任人员责任和处罚的规定，从而缺乏明确的法律指引。分公司负责人属于分公司负有责任的人员。

五、纳税信用等级为d级对分公司负责人的影响

    2014年10月1日起施行的《纳税信用管理办法（试行）》第二十条指出（1）有非正常户记录或者由非正常户直接责任人员注册登记或者负责经营的；（2）由d级纳税人的直接责任人员注册登记或者负责经营的，本评价年度直接判为d级。同时第十九条指出上一评价年度纳税信用评价结果为d级的，本评价年度不能评为a级。对于评价为d级纳税人带来的影响：

    1、严格控制发票的供应量；

    2、加强出口退税审核；

    3、加强纳税评估，严格审核其报送的各种资料；

    4、列入重点监控对象，提高监督检查频次，发现税收违法违规行为的，不得适用规定处罚幅度内的最低标准； 

    5、将纳税信用评价结果通报相关部门，建议在经营、投融资、取得政府供应土地、进出口、出入境、注册新公司、工程招投标、政府采购、获得荣誉、安全许可、生产许可、从业任职资格、资质审核等方面予以限制或禁止。

    可以得知，如果分公司负责人经营的分公司是非正常户，后续分公司负责人注册或负责经营的，也将难以逃脱d级纳税人的命运，将会在退税、购买发票、政府项目承接、荣誉证书等获得上会遇到较大的政策性障碍。

六、分公司负责人劳动合同主体问题 

    1、分公司是否可以订立劳动合同

    《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条规定：劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同；未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。

根据上述规定可知，有营业执照的分支机构可以作为劳动法的合同主体签订劳动合同。

    2、分公司负责人是否必须是分公司的员工

    劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。所以关键是用人单位是分公司还是总公司，劳动法未明确一定由哪个主体签订合同。在实务中，如果总公司直接对分公司实施强控，会采取总公司委派的形式，即总公司和分公司负责人签订合同，工资、社保、公积金、福利等均由总公司支付，此模式比较适合于总公司直接控制或分设的分支机构。另外一种是参股分公司，这类情况下，总公司或分公司都有可能与分公司负责人签订劳动合同。

七、分公司负责人个税申报问题

    工资、薪金所得以取得应税所得的个人为纳税义务人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人扣缴义务人依法履行扣缴义务，纳税人不得拒绝。因此，分公司负责人的个税应由签订劳动合同支付工资薪金的单位履行代扣代缴义务，并向扣缴单位所属税机关申报解缴。综上分析，笔者认为分公司负责人的个税扣缴和申报地点应根据不同情况进行判断，而不应简单认为一律须在分公司处理。