根据国家税务总局关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2018年第61号）
第六条 扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。所以个人所得税是站在员工角度按照公司实际支付也就是个人实际收取发生纳税义务。
所以贵公司分别发放奖金，相当于一次性奖金事项发生了两次，但全年一次奖事项只能一个纳税年度只能适用一次。
严格来讲贵公司不能将两次奖金合并申报。
 
贵公司想要更正申报的，只能拿着对应期间的工资表和银行代发记录到大厅进行更正申报。
但是银行代发记录为两个月分次发放，个人认为更正申报有困难。