1.贵公司需要看完税证明中个人所得税的应税项目是什么，如果项目为经营所得，那么贵公司不需要在进行扣缴个税。如果项目是劳务报酬所得，那么贵公司依旧需要按规定进行扣缴个税。

依据《个人所得税法》及其实施条例相关规定来看，“对企事业单位承包经营、承租经营所得”、“个体工商户生产经营所得”属于纳税人自行申报纳税的项目，由个人自行申报纳税，付款单位不用代扣代缴。对不属于生产、经营所得项目的其他所得，比如工资薪金、劳务报酬、稿酬等，应该由付款单位代扣代缴个人所得税。
因此，如果该款项不属于生产、经营所得，应由贵公司在付款时代扣代缴个人所得税。对个人在代开增值税发票环节已按规定预征缴纳的个人所得税，应作为已缴税款予以抵减。