《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（国令第707号）第六条规定，个人所得税法规定的各项个人所得的范围：

（八）财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。

根据上述规定，自然人合伙人在合伙企业的投资（即财产份额）属于个人所得税的财产转让所得，如果自然人合伙人转让合伙企业的投资有溢价收益，应缴纳个人所得税。