参考《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）相关规定：跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。

对于您说的情况，异地施工项目管理人员和技术人员的工资在公司所在地申报而没有在项目所在申报，可能会被按合同价款核定征收个税。具体建议您跟施工地税局沟通。