近日，中国证监会发布了《上市公司2024年年度财务报告会计监管报告》，研发支出是证券监管关注的重点事项之一。从公开披露的信息看，不少企业收到政府直接拨付的研发补助资金后，存在税务处理问题。比如，芯密科技2025年6月16日发布公告，公司于2021年—2023年共计收到科研项目政府补助2250万元，公司基于当时对税收法规的理解，将收到的政府补助款作为不征税收入处理。2024年，经与主管税务机关沟通，公司基于谨慎性原则调整了对收到的科研项目政府补助款作为不征税收入的认定，并于当期补缴了企业所得税，产生滞纳金25.10万元。这个案例提醒相关企业，在处理研发补助资金时，需要审慎考量多方面因素，在防范税务风险的基础上，合规享受税收优惠。

　　不征税收入用于支出形成的费用，不得加计扣除

　　2024年，A公司收到政府补助资金100万元，专项用于某工艺技改项目。该公司当年共发生自主研发支出400万元(包含政府补助资金)，并已全部费用化，企业发生的所有研发支出均属于可加计扣除的范围。

　　假设企业取得的研发补助资金符合不征税收入条件。根据企业所得税法实施条例、《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税[2011]70号)等规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。同时，根据《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第97号)规定，此类费用或折旧、摊销也不能加计扣除。因此，A公司用于研发项目的政府补助资金100万元，不能在税前扣除，也不能适用研发费用加计扣除政策，A公司在企业所得税年度汇算清缴时，须进行纳税调整。

　　根据A公司的不同会计处理方法，在企业所得税纳税调整时可分为两种情况。其中，当A公司对政府补助资金采用“总额法”进行核算时，企业在会计处理上将实际发生的支出计入研发费用，同时将取得的政府补助资金确认为收入。由于A公司取得的政府补助资金属于不征税收入，A公司在纳税调整时，需对当期计入损益的不征税收入额进行纳税调减。同时，A公司需对不征税收入用于支出所形成的费用进行纳税调增。在申报研发费用加计扣除时，A公司应按会计上确认的研发费用减去上述纳税调增部分，作为加计扣除的基数。

　　在实务操作中，A公司应在《专项用途财政性资金纳税调整明细表》(A105040)第6行第2列“财政性资金”栏次、第3列“金额”栏次、第4列“其中：计入本年损益的金额”栏次，均填入100万元;在第6行第10列“支出金额”栏次、第11列“其中：费用化支出金额”栏次，也填入100万元。以上数据会自动同步到《纳税调整项目明细表》(A105000)第9行第4列和第25行第3列，最终实现不征税收入纳税调减100万元，不征税收入用于支出所形成的费用纳税调增100万元。在申报研发费用加计扣除时，A公司填报的《研发费用加计扣除优惠明细表》(A107012)第41行“本年费用化金额”栏次金额，应为企业研发支出扣减调增金额后的余额，即400-100=300(万元)。

　　若A公司对政府补助资金采用“净额法”核算，在企业会计处理上，应将收到的政府补助资金冲减研发费用，即政府补助资金最终没有体现在当期收入和成本费用中。在这种情况下，税会处理口径一致，不涉及纳税调整，A公司可按会计处理上已冲减的研发费用金额，确认企业研发费用并加计扣除。

　　不符合不征税收入条件或按应税收入处理，可加计扣除

　　2024年，B公司收到政府补助资金200万元，专项用于某研发项目。该公司当年共发生自主研发支出400万元(包含政府补助资金)，并已全部费用化，企业发生的所有研发支出均属于可加计扣除的范围。假设B公司取得的研发补助资金不符合不征税收入条件，或虽然可以满足不征税收入条件，但B公司选择按应税收入作企业所得税处理。

　　在此种情形下，B公司在会计处理上依然有“总额法”和“净额法”两种方式，在不同的会计处理方式下，企业需注意企业所得税年度汇算清缴时的纳税调整有所区别。在“总额法”下，B公司的会计处理是以实际发生的支出作为研发费用核算，同时将收到的政府补助资金确认为收入。根据财税〔2011〕70号文件规定，计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。B公司可按会计上确认的研发费用400万元进行税前扣除及加计扣除。

　　在“净额法”下，B公司会计处理是以收到的政府补助资金直接冲减企业研发费用，此时企业在纳税申报时需格外注意。根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》(国家税务总局2017年第40号)、《研发费用加计扣除政策执行指引(2.0版)》等规定，企业在税收上将政府补助确认为应税收入，同时增加研发费用，加计扣除应以税前扣除的研发费用为基数。企业未进行相应调整的，税前扣除的研发费用与会计的扣除金额相同，应以会计上冲减后的余额计算加计扣除金额。

　　案例中，B公司在税收上将政府补助资金确认为应税收入，如果同时进行收入调增和成本费用调增，其在计算可加计扣除的研发费用时，按冲减前的余额400万元作为扣除基数。实务操作中，B公司需要将政府补助资金200万元，通过《未按权责发生制确认收入纳税调整明细表》(A105020)进行纳税调增;将会计上已冲减的研发费用200万元，通过《纳税调整项目明细表》(A105000)或《职工薪酬支出及纳税调整明细表》(A105050)等附表进行纳税调减。

　　B公司如果未对研发补助和支出事项进行纳税调整，加计扣除的金额应以会计上冲减后的余额为基数计算，存在未充分享受加计扣除优惠的税务风险。笔者提醒，当企业取得的政府补助资金属于应税收入，为避免进行纳税调整，防范未充分享受税收优惠风险，建议企业会计处理采用“总额法”核算。

近期，为落实党的二十届三中全会提出“完善增值税留抵退税政策和抵扣链条”改革任务部署要求，财政部、税务总局发布《关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》(财政部 税务总局公告2025年第7号)。随后，税务总局配套制发了《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号)，就留抵退税有关征管事项进一步予以明确。本期刊发国家税务总局货物和劳务税司相关解读，供读者参考。

　　1、政策重点内容

　　问：《财政部 税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》(财政部 税务总局公告2025年第7号，以下简称7号公告)的主要内容是什么?

　　答：7号公告主要内容包括：一是符合条件的“制造业”“科学研究和技术服务业”“软件和信息技术服务业”“生态保护和环境治理业”(以下简称制造业等4个行业)增值税一般纳税人(以下简称纳税人)，可以按月向主管税务机关申请退还期末留抵税额。二是符合条件的房地产开发经营业纳税人，可以向主管税务机关申请退还与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额的60%。三是符合条件的其他纳税人，可以向主管税务机关申请按比例退还与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加的留抵税额。

　　问：纳税人申请退还留抵税额需要同时符合哪些条件?

　　答：7号公告规定，适用留抵退税政策的纳税人需同时符合以下条件：

　　(一)纳税缴费信用级别为A级或者B级;

　　(二)申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、骗取出口退税或者虚开增值税专用发票情形;

　　(三)申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上;

　　(四)2019年4月1日起未享受增值税即征即退、先征后返(退)政策，7号公告另有规定的除外。

　　其中，“7号公告另有规定的除外”，是指7号公告第九条第二款、第三款规定的情形，即：纳税人自2019年4月1日起已享受增值税即征即退、先征后返(退)政策的，一次性将已退还的增值税即征即退、先征后返(退)税款全部缴回后，可以自全部缴回次月起按照规定申请退还期末留抵税额。纳税人按照上述规定全部缴回已退税款后适用留抵退税或者即征即退、先征后返(退)政策的，自全部缴回次月起36个月内不得变更。

　　问：纳税人申请留抵退税应当如何办理?有无时限要求?

　　答：《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》(国家税务总局公告2025年第20号，以下简称20号公告)规定，纳税人按照7号公告申请办理留抵退税，应当于符合留抵退税条件的次月，在增值税纳税申报期内，完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅向主管税务机关提交《退(抵)税申请表》。

　　2、三个重要概念

　　问：7号公告规定的制造业等4个行业纳税人是指什么?

　　答：7号公告所称制造业等4个行业纳税人，是指从事《国民经济行业分类》中“制造业”“科学研究和技术服务业”“软件和信息技术服务业”“生态保护和环境治理业”业务相应发生的增值税销售额占其全部增值税销售额的比重超过50%的纳税人。销售额比重根据纳税人申请退税前连续12个月的销售额计算确定;申请退税前经营期不满12个月但满3个月的，按照实际经营期的销售额计算确定。

　　例如，某纳税人2026年1月申请退还留抵税额，2025年1月至12月期间该纳税人的制造业等4个行业业务增值税销售额为55万元，其他增值税销售额为45万元。那么，该纳税人申请退税前连续12个月制造业等4个行业业务相应发生的增值税销售额占全部增值税销售额的比重为55÷(45+55)×100%=55%，增值税销售额比重超过50%。因此，该纳税人属于制造业等4个行业纳税人。

　　问：7号公告规定的房地产开发经营业纳税人是指什么?

　　答：7号公告所称房地产开发经营业纳税人，是指从事《国民经济行业分类》中“房地产开发经营”业务相应发生的增值税销售额及预收款占其全部增值税销售额及预收款的比重超过50%的纳税人。销售额及预收款比重根据纳税人申请退税前连续12个月的销售额及预收款计算确定;申请退税前经营期不满12个月但满3个月的，按照实际经营期的销售额及预收款计算确定。同一计算期间内已经参与比重计算的预收款，不得重复参与增值税销售额的计算。预收款是指采取预售方式销售自行开发的房地产项目收到的款项。

　　例如，某纳税人申请退税前连续12个月房地产开发经营业务预收款400万元、销售额1000万元(其中，同一计算期间内收到的预收款转化形成的增值税销售额200万元)，此外还发生其他增值税销售额600万元。该纳税人申请退税前连续12个月房地产开发经营业务相应发生的增值税销售额及预收款占全部增值税销售额及预收款的比重为(400+1000-200)÷(400+1000-200+600)×100%=67%，比重超过50%，因此该纳税人属于房地产开发经营业纳税人。

　　问：7号公告规定的其他纳税人是指什么?

　　答：7号公告所称其他纳税人，是指除制造业等4个行业和房地产开发经营业纳税人以外的纳税人。

　　3、政策细节分析

　　问：7号公告第一条第二项规定，房地产开发经营业纳税人，与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月(按季度纳税的，连续两个季度，下同)期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月(按季度纳税的，第二季度，下同)期末新增加留抵税额不低于50万元的，可以向主管税务机关申请退还第六个月期末新增加留抵税额的60%。如何理解这项规定?

　　答：举例来说，某房地产开发经营业纳税人，2025年10月在完成2025年9月所属期增值税纳税申报后，申请按照7号公告第一条第二项的规定办理留抵退税。申请退税前连续六个月(2025年4月—9月所属期)的期末留抵税额分别为30万元、40万元、50万元、25万元、50万元和80万元。该纳税人2019年3月税款所属期期末留抵税额为20万元。据此计算，该纳税人申请退税前连续六个月与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额分别为10万元、20万元、30万元、5万元、30万元和60万元。因此，该纳税人符合“与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月期末新增加留抵税额不低于50万元”的要求。

　　问：7号公告第一条第三项规定，除制造业等4个行业和房地产开发经营业纳税人以外的其他纳税人，申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不低于50万元的，可以向主管税务机关申请按比例退还新增加留抵税额。新增加留抵税额不超过1亿元的部分(含1亿元)，退税比例为60%;超过1亿元的部分，退税比例为30%。如何理解这项规定?

　　答：举例来说，某纳税人在2025年10月完成2025年9月所属期增值税纳税申报后，申请按照7号公告规定的其他纳税人办理留抵退税。申请退税前连续六个月(2025年4月—9月所属期)的期末留抵税额分别为10万元、40万元、50万元、25万元、50万元和80万元。该纳税人2024年12月税款所属期期末留抵税额(申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额)为20万元。据此计算，该纳税人申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额为60万元。因此，该纳税人符合“申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不低于50万元”的要求。

　　问：某房地产开发经营业纳税人，不符合7号公告第一条第二项规定的，能否适用其他纳税人留抵退税政策?

　　答：根据7号公告规定，房地产开发经营业纳税人不符合公告第一条第二项规定的，可以按照公告第一条第三项规定申请退还期末留抵税额。

　　例如，某房地产开发经营业纳税人，2025年10月申请办理留抵退税。申请退税前连续六个月(2025年4月—9月所属期)，期末留抵税额分别为30万元、40万元、50万元、25万元、50万元和80万元。该纳税人2019年3月税款所属期期末留抵税额为60万元;2024年12月税款所属期期末留抵税额为20万元。据此计算，该纳税人不符合“与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月期末新增加留抵税额不低于50万元”的规定，因此无法适用7号公告第一条第二项规定的房地产开发经营业留抵退税政策。但是，该纳税人符合“申请退税前连续六个月期末留抵税额均大于零，且第六个月期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额应不低于50万元”的规定，因此可以按照7号公告第一条第三项规定的其他纳税人留抵退税政策申请办理留抵退税。

　　问：同时符合“制造业等4个行业纳税人”和“房地产开发经营业纳税人”规定的，应如何适用留抵退税政策?

　　答：7号公告规定，同一计算期间内既取得“房地产开发经营”业务增值税销售额或预收款，又取得其他业务增值税销售额，且符合7号公告第四条第一款增值税销售额及预收款比重规定的纳税人，申请退还期末留抵税额时，应当按照7号公告第一条第二项、第三项第二款的规定办理。

　　例如，某纳税人兼营房地产开发经营业务和制造业业务，申请退税前连续12个月房地产开发经营业销售额200万元，采取预售方式销售自行开发的房地产项目收到的预收款400万元，制造业增值税销售额400万元。按照“制造业等4个行业纳税人”的判定标准，该纳税人制造业等4个行业增值税销售额比重为400÷(400+200)×100%=67%，比重大于50%，因此该纳税人符合“制造业等4个行业纳税人”的判定标准。同时，该纳税人房地产开发经营业务相应发生的增值税销售额及预收款占全部增值税销售额及预收款的比重为(200+400)÷(400+200+400)×100%=60%，比重也超过50%，因此该纳税人符合“房地产开发经营业纳税人”的判定标准。在此情况下，纳税人应按照“房地产开发经营业纳税人”申请办理留抵退税。若该纳税人不符合7号公告第一条第二项“与2019年3月31日期末留抵税额相比，申请退税前连续六个月期末新增加留抵税额均大于零，且第六个月期末新增加留抵税额不低于50万元”的规定，但符合7号公告第一条第三项规定的，可以按照其他纳税人留抵退税政策申请办理留抵退税。

　　4、留抵税额计算

　　问：适用7号公告第一条第一项政策的纳税人，允许退还的留抵税额应如何计算?

　　答：7号公告规定，纳税人适用7号公告第一条第一项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额×进项构成比例×100%。

　　例如，某制造业纳税人适用7号公告第一条第一项政策，其当期期末留抵税额为500万元，进项构成比例为80%，其允许退还的留抵税额为500×80%×100%=400(万元)。

　　问：适用7号公告第一条第二项政策的纳税人，允许退还的留抵税额应如何计算?

　　答：7号公告规定，纳税人适用7号公告第一条第二项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额×进项构成比例×60%。

　　例如，某房地产开发经营业纳税人适用7号公告第一条第二项政策，其当期期末留抵税额与2019年3月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额为100万元，进项构成比例为90%，则其允许退还的留抵税额为100×90%×60%=54(万元)。

　　问：适用7号公告第一条第三项政策的纳税人，允许退还的留抵税额应如何计算?

　　答：7号公告规定，纳税人适用7号公告第一条第三项政策的，允许退还的留抵税额=当期期末留抵税额与申请退税前一税款所属期上一年度12月31日期末留抵税额相比新增加留抵税额不超过1亿元的部分×进项构成比例×60%+超过1亿元的部分×进项构成比例×30%。

　　例如，A纳税人适用7号公告第一条第三项政策，2026年7月申请退还期末留抵税额，当期期末留抵税额8000万元，2025年12月31日期末留抵税额2000万元，进项构成比例90%，允许退还的留抵税额为(8000-2000)×90%×60%=3240(万元)。

　　B纳税人适用7号公告第一条第三项政策，2026年7月申请退还期末留抵税额，当期期末留抵税额22000万元，2025年12月31日期末留抵税额1000万元，进项构成比例90%，允许退还的留抵税额为10000×90%×60%+(22000-1000-10000)×90%×30%=8370(万元)。

　　问：进项构成比例如何计算?

　　答：7号公告规定，纳税人适用7号公告第一条第一项和第二项政策的，进项构成比例为2019年4月至申请退税前一税款所属期已抵扣的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、完税凭证、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票、电子发票(航空运输电子客票行程单)、电子发票(铁路电子客票)等增值税扣税凭证(以下称七类增值税扣税凭证)注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。

　　例如，某纳税人2025年12月按照7号公告第一条第二项规定申请退还留抵税额，2019年4月至2025年11月全部已抵扣进项税额400万元，其中已抵扣的七类增值税扣税凭证注明的增值税额200万元，该纳税人进项构成比例为200÷400×100%=50%。

　　7号公告规定，纳税人适用7号公告第一条第三项政策的，进项构成比例为申请退税前一税款所属期当年1月至申请退税前一税款所属期已抵扣的七类增值税扣税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。

　　例如，某纳税人2025年12月按照7号公告第一条第三项规定申请退还留抵税额，2025年1月—11月全部已抵扣进项税额200万元，其中已抵扣的七类增值税扣税凭证注明的增值税额150万元，该纳税人进项构成比例为150÷200×100%=75%。

　　问：纳税人在计算进项构成比例时，是否需要对进项税额转出部分进行调整?

　　答：20号公告规定，在计算允许退还的留抵税额的进项构成比例时，参与计算所属期内按照规定转出的进项税额，无须从已抵扣的七类增值税扣税凭证注明的增值税额中扣减。

　　例如，某房地产开发经营业纳税人适用7号公告第一条第二项政策，2019年4月—2025年9月全部已抵扣进项税额2000万元，期间已抵扣的七类增值税扣税凭证注明的增值税额1600万元。该纳税人在计算允许退还的留抵税额的进项构成比例时，参与计算所属期内按照规定转出的进项税额为100万元。2025年10月，该纳税人按照7号公告第一条第二项规定申请退还留抵税额时，进项构成比例为1600÷2000×100%=80%，无须扣减转出的100万元进项税额。