参考《个人所得税法》第二条规定，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

个人取得的违约金不在上述税法列举的所得项目内，个人认为贵司在支付违约金时不需要代扣个税。另参考《个人所得税法实施条例》规定：“个人取得的所得，难以界定应纳税所得项目的，由国务院税务主管部门确定”。因此，建议贵司再跟主管税局确认一下。