根据《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法(试行)>的公告》(国家税务总局公告2018年第60号)第四章第二十条第二点的相关规定，纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字(章)后分别留存备查。

因此若员工在手机APP中填写专项附加扣除信息，不再需要报送纸质表给单位。