依据财税2016年36号文的规定,先开具发票的,可以将开票时间作为纳税义务发生时间,所以不可以开票时间确认纳税义务发生时间。
贵公司所描述情形,建议双方重新约定合同付款时间,或是与主管税务机关沟通按照实质重于形式的原则的处理,具有可参考安徽税务局《建筑业营改增热点难点问题》:“48.根据《营改增试点实施办法》第45条中纳税义务发生的时间以取得索取销售款项凭据的当天,是指书面合同确定的付款日期的当天,而实际经营时往往承建工程的建筑企业不能按合同约定时间收到工程款,要大量垫付工程物资、机械劳务费用款,如果按以上规定时限确认纳税义务,这将势必加重建筑企业负担,能否根据建筑企业经营现状,以开票时间确认纳税义务发生时间?答:对建筑项目有合同但未履行合同的,应按照实质重于形式的原则,以实际收讫销售款或取得索取销售款的时间(如验工计价时间)作为纳税义务发生时间。”